在胃鏡清洗之前，先浸泡不少于10分鐘。腸鏡和十二指腸鏡浸泡不少于10分鐘。支氣管鏡浸泡不少于20分鐘；結核桿菌、其他分枝桿菌等特殊感染患者使用后的浸泡不少于45分鐘，在浸泡之后才能夠進行清洗和消毒。

胃鏡的清洗槽可以分為四槽和五槽兩種規格，這種規格的清洗步驟、方法、要求是不一樣的。

四槽胃鏡清洗的使用方法：胃鏡在浸泡后進入清洗槽中用自來水（流動）進行清洗，沖洗完畢后將胃鏡放到酶洗槽中接著酶洗，再進行消毒滅菌。酶洗完畢放進配帶蓋子的消毒槽中用2%的戊二醛進行浸泡消毒，消毒完畢后放到最后一個清洗槽再次沖洗，可以同時使用噴灑法進行沖洗。

五槽胃鏡清洗的方法：五槽的清洗方法和四槽的清洗方法類似，唯一不同的是，胃鏡是在酶洗之后不是直接進入浸泡消毒，而是要先放到清洗槽再清洗一次，將酶洗的殘留物沖洗干凈后再放進浸泡池中浸泡消毒，消毒后再沖洗胃鏡。

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